ฮวงจุ้ยห้องน้ำถือเป็นสิ่งที่หลายคนให้ความสำคัญมาเป็นอันดับต้น ๆ เพราะตามหลักความเชื่อแล้ว ทิศที่ควรสร้างห้องน้ำมีส่วนช่วยเสริมความเป็นสิริมงคลแก่คนในบ้าน โดยควรเลือกตำแหน่งห้องน้ำให้เหมาะสม ห้องน้ำที่ดีควรออกแบบให้สามารถมีอากาศถ่ายเทได้สะดวก โดยตามหลักฮวงจุ้ยห้องน้ำควรมีหน้าต่างที่แสงสว่างส่องเข้าถึงเพื่อให้ระบายอากาศได้ดี
ป้องกันกลิ่นไม่พึงประสงค์ และป้องกันปัญหาอับชื้น รวมถึงเป็นแหล่งสะสมของเชื้อโรค ตำแหน่งของห้องน้ำที่ดีจึงควรมีแสงแดดส่องถึงได้ดีจะช่วยฆ่าเชื้อโรคในห้องน้ำได้อีกทางหนึ่ง ตามหลักฮวงจุ้ยไม่ควรสร้างห้องน้ำบริเวณทางทิศใต้ เนื่องจากมีความเชื่อว่าเป็นทิศทางที่ไม่มงคล เป็นทิศทางแห่งการพลัดพราก และอยู่ในตำแหน่งของธาตุไฟ ซึ่งตรงข้ามกับห้องน้ำที่มีธาตุน้ำ มีส่วนทำให้คนในบ้านดวงตก นอกจากนี้ยังมีความเชื่อที่ว่าการสร้างห้องน้ำทางทิศใต้ จะส่งผลเสียต่อผู้ที่เกิดปีระกา และครอบครัวที่บุตรสาวกำลังจะแต่งงาน สำหรับทิศทางที่เหมาะสมคือทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ และทิศตะวันออกเฉียงเหนือ
ห้องน้ำไม่ควรอยู่กลางบ้านไม่ควรสร้างห้องน้ำที่อยู่กลางบ้าน เพราะเป็นตำแหน่งที่ทำให้คนในบ้านแตกแยก ทำให้มีเรื่องบาดหมางกันอยู่เสมอ และไม่ควรอยู่บริเวณริมทางเดิน ซึ่งตามหลักฮวงจุ้ยถือเป็นการนำพาความอันตรายมาสู่คนในบ้าน นอกจากนี้เนื่องจากห้องน้ำเป็นห้องที่กักเก็บความชื้น กลิ่นไม่พึงประสงค์ และเชื้อโรค หากเลือกตำแหน่งห้องน้ำตรงกลางบ้านจะทำให้ระบายอากาศได้ยาก และสิ่งสกปรกกระจายได้ทั่วบ้าน ส่งผลต่อทั้งสุขภาพกายและสุขภาพจิตได้เลยทีเดียว
ห้องน้ำชั้นบนไม่ควรอยู่ตรงกับประตูบ้าน การสร้างห้องน้ำชั้นบนบ้าน ไม่ควรเลือกตำแหน่งห้องน้ำที่ตรงกับประตูหน้าบ้าน เพราะเป็นตำแหน่งที่ปิดกั้นไม่ให้โชคลาภเข้ามาสู่ภายในตัวบ้าน ดักโชคลาภดี ๆ ไม่ให้เข้าสู่ตัวบ้าน ทั้งด้านการเงินและโชคลาภไม่ราบรื่น หากไม่สามารถปรับเปลี่ยนตำแหน่งห้องน้ำได้ สามารถแก้เคล็ดด้วยการปิดประตูห้องน้ำตลอดเวลา